Essa pergunta é difícil de ser respondida, pesquisei diversos programas e ainda não encontrei o programa perfeito. Vou indicar programas gratuitos e que fazem o trabalho desejado, mas o ideal seria um programa que tenha os seguintes atributos:
- Bonito;
- Direto (sem muita frescura);
- Possibilidade de comparar pastas (remota vs local);
- Rápido;
- Free;
Um programa que atende a quase todos estes atributos é o TRANSMIT, infelizmente é um programa pago, mas sua última versão (4.0) está incrivelmente boa. Aconselho a compra dele (us$34). Mas podem baixá-lo para teste também.

Agora se você é e sempre foi acostumado a querer tudo de graça, as opções free geralmente ganham pontos em algum aspecto e perdem em outro.
- Cyberduck – Leve, Simples, Free, Sincroniza, é o menos pior, mas ainda não é tão bonito.
- Classic FTP - Leve, Simples, Free, Sincroniza, mas ainda não tem a versão Intel.
- FileZilla – Leve, Simples, Free, Sincroniza, mas é muito feio e confuso.